南京同仁根生于北京同仁，技术上一脉相承，以三级甲等医院建设要求为发展方向，以耳鼻咽喉头颈外科、眼科优势技术为先导，形成了内、外、妇、儿全面发展的综合医院框架。设有39个临床医技科室，其中国家临床重点专科1个（耳鼻咽喉头颈外科）、省级临床重点专科1个（耳鼻咽喉头颈外科）、市级医学重点专科5个（耳鼻咽喉头颈外科、眼科、神经内科、医学影像科、麻醉科），设有院士工作站，并于卫生主管部门获批南京同仁耳鼻喉医院、南京同仁儿童医院。